Diversos microrganismos, especialmente bactérias, estão presentes em toda a extensão do corpo humano, como na cavidade oral, na pele e nos intestinos. Nesses casos, porém, existe uma relação ecológica na qual o ser humano não é prejudicado e, às vezes, é até beneficiado. Os casos em que a relação ecológica envolve algum prejuízo ao hospedeiro podem constituir em doenças infecciosas. Em outras ocasiões, a presença do patógeno em si, pode configurar uma infecção com potencial de transmissibilidade, semelhante ao que ocorre com os vírus.